在这之后，船教就变了味道。各地区的统治者为了自己的利益，擅自给船教加了很多与信仰本身无关的教义。

比如说，他们将教徒按照职业，分为战舰、商船和渔船三大类。战舰就是军人，商船就是商人，渔船就是农民和手工业者。他们规定，战舰的职责就是牺牲自我，保护君主。商船的职责，就是把钱送到君主的腰包里。渔船的职责，则是把劳作所得按比例上交给君主。

毫无疑问，统治者们的做法，是在利用宗教为自己牟利。他们用这种方式压榨船教的教徒，逼迫他们服兵役，缴重税。船教教徒又不是傻子，哪能任凭统治者宰割？

公历1899年，机遇大陆——也就是新大陆西部发生船教起义。起义军击败了当时西部地区统治者的军队，东大陆随即向新大陆西部派遣援军，起义军被援军击败，被迫转入守势。

为了增强部队的战斗力，当时的起义军领袖想到了一个办法。

在一次开会的时候，他假装踌躇，口吐白沫晕倒，在会议上引发慌乱。不一会儿他就自行醒来，说是他刚才被造物主召见，造物主对他说，船教很合他的心意，决定给船教的人创造一片乐园，让他们死后到那里去住。

但是进入乐园是有条件的，那就是必须为船教做出贡献。这人说，在通往乐园的路上有一片风暴洋，风暴洋的对岸就是乐园。造物主有一个造船厂，还让天使为每个人造船。造船用的材料是用教徒的虔诚，以及对船教的付出，虔诚和付出的越多，船就越大，越华丽。

这人还说，为信仰而死的人，尤其是战死的人，他们的虔诚和付出已经是最大的。造物主会在乐园里用金砖为他们造一座房子，宝石做灯，还让他们用蜂蜜和牛奶洗澡，还可以得到美丽的天使做伴侣。

此话一出，船教起义军士气大振。没有参加起义军的人捐献所有家产，参加起义军的人全部视死如归。在休整了几天之后，起义军再次与东大陆派来的援军交战，在人数和装备完全处于劣势的情况下，大败东大陆派来的援军。

这时的船教还不是一个极端的宗教组织。在击败了东大陆派来的援军之后，起义军在西部地区建国。由于这个国家名不正言不顺，各地的不信船教的人不服从起义军的统治，甚至还发起叛乱。

船教对叛乱地区进行了严酷镇压，但这无法彻底根除叛乱。新国家的领袖，也就是那个想出“绝妙”点子的人，因此恼羞成怒。他自封“最高主教”，下令全国人民必须改信船教，接受他这个“最高主教”的统治，不改教的人全都得死。

为了达成自己的目的，他故技重施，让船教的教徒们以为他已经是造物主所认可的国王，这个国家的一切都要服从他的统治，反抗者都是魔鬼的信徒。在这种思想的驱使下，船教的教徒开始对国内的其他宗教进行惨无人道的逼迫与屠杀。