最终美国作出了让步，将国旗移到了中国国旗的后面。审判前最重要的工作是撰写起诉书，然而在起诉书里该以何年为被告犯罪日期的起点这个问题上，各国法官又发生了严重分歧，有人认为，起始点应该从1941年12月7日，日军偷袭珍珠港算起，有人认为应该将1937年7月7日爆发的“卢沟桥事件”算起，而梅汝璈提出，应以1928年1月1日日本制造“皇姑屯事件”为对日本战犯起诉的起始日。在一番讨论后，远东国际军事法庭同意了梅汝璈的主张。

1946年5月3日，审讯正式开始。远东国际军事法庭采用的是英美法系的对质制，共分为三个阶段：检察官综合陈述和提证；被告律师综合辩护和提证；被告个人辩护和提证。在这之后，就是法官的评议和宣告判决。

开庭当日，组成军事法庭的11国的检察官向法庭提出起诉书，被告原有28人，实际受审者为25人。起诉书以破坏和平罪、战争罪、违反人类罪指控被告自1928年1月1日至1945年9月2日期间犯下的罪行。在审判过程中，最令人感到意外的是中国末代皇帝溥仪以证人身份出现在法庭上，这不仅引起了整个日本的关注，也引起了全世界的注目。溥仪出庭8天，使大量被日本刻意隐瞒的罪行和战争机密重见天日，而南京大屠杀幸存者在法庭的出现，也让被告隐瞒事实真相的企图破产。

1948年3月2日，法庭结束了全部辩论，11月12日，法庭宣读判决，判处东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、松井石根、武藤章、木村兵太郎绞刑，16人判处无期徒刑，东乡茂德判处20年徒刑，重光葵判处7年徒刑。东条英机等7人的绞刑于1948年12月22日执行。

这一结果得来不易，因为在对战争罪犯量刑的时候，各方意见并不统一，发生过激烈的争辩。在远东国际军事法庭的组成国家里，有些国家在二战中并没有遭到日军的直接侵略，对日本军国主义的残暴罪行缺乏切肤之痛，因此在量刑时总是以自己国家废除了死刑或是以人道主义为由，反对对那些罪犯处以极刑。

看到这一情况后，梅汝璈历数了日军在中国大地犯下的累累罪行，比如日军在各地展开的“三光”政策，肆意屠杀手无寸铁的平民，用活人做细菌试验等等。在梅汝璈的极力主张下，各国法官最后以投票的方式确认了死刑的适用。

从1950年开始，盟军驻日本最高统帅麦克阿瑟为了拉拢日本，不顾世界各国的反对，将判刑的战争罪犯以各种理由陆续释放出狱，有些人还重新走上了政坛。