为什么要突然掉转方向，不去驰援陷入苦战的羽柴秀吉，反而要去京都呢？对明智光秀的这一举动，手下的士兵满腹疑惑，许多人认为此举是明智光秀受织田信长之命去讨伐德川家康。为了能神不知、鬼不觉地进入京都，明智光秀将1.3万人马分为三队，分散行动。为了确保万无一失，明智光秀还下令在前往京都的路上，如果遇到可能泄露行踪的人就全部诛杀。行军至京都，明智光秀给士兵下达了一道改变战国末期格局的命令——“前进，敌在本能寺！”

至2日清晨，明智光秀的三路人马已经将本能寺团团包围。一开始听到外面的骚动，织田信长以为是侍卫在吵架，但是随后侍卫进房告知情况，织田信长终于明白了自己的处境。他随即率领侍卫与明智光秀展开了对战。

明智光秀的士兵将织田信长及其侍卫围困在一道走廊之中。织田众人虽全力奋战，但因敌人势大，相继战死。织田信长退入房间，自焚而死，时年49岁。

在取得本能寺胜利之后，明智光秀又急忙率军赶往妙觉寺，那里正住着织田的嫡长子织田信忠。得知明智光秀背叛后，织田信忠迅速撤离了妙觉寺，赶到二条御所。而此时，已经得悉织田信忠动向的明智光秀也来到了二条御所，将其围得水泄不通，并很快发动了进攻。织田信忠及其部下虽殊死抵抗，挫伤了明智光秀的锐气，但因实力悬殊，明智光秀的军队还是攻破了二条御所的大门。此时，二条御所火光四起，杀声震天。在连续砍翻了几名敌军后，织田信忠切腹自杀，其随从也全部战死或自杀。织田信忠死时年仅26岁。

消灭织田信长及其嫡长子后，明智光秀被正亲町天皇封为“征夷大将军”，一跃成为战国末期的中心人物。在得到天皇的册封后，明智光秀号召各地大名相应归顺自己，但在这时，明智光秀的生命正在以他无法料及的速度走向死亡。

3日，与毛利辉元处于对峙状态中的羽柴秀吉接到织田信长已死的消息后，急忙与毛利辉元达成停战协议，率军折回京都，讨伐叛臣明智光秀。13日，羽柴秀吉发起山崎之战，将明智光秀击败，明智光秀战死。在随后召开的关于确立谁来继承织田家衣钵的“清州会议”上，由于打败明智光秀的功绩，羽柴秀吉占据了主导权。这令织田信长的另一重臣柴田胜家很为不满。

1583年，两人及其各自支持的一派爆发了贱岳合战，此战，羽柴秀吉一举打败了柴田胜家，使得原本支持他的织田家臣倒向自己一边。羽柴秀吉成了织田信长衣钵的真正继承人。